“损失大小鸟船三十二艘、大小赶缯船二十四艘、小炮船一艘、双帆艍船十五艘、各色艚船四十三只”
施琅入鹿耳门之时尚有各种船只五百五十三艘，如今几近损失了四分之一。
“阵亡总兵官陈昌、副将黄昌、蒋懋勋，参将许克济、罗士鉁、陈远致、谢英，游击何应元、方凤、陈义、朱春以下将官二十九员、其余官弁目兵四千二百二十六员、伤者有参将罗易以下二千五百七十一员”
伤亡这么惨重的原因主要是外围战船被郑军的火攻小划子突破之后，内圈艚船上的清军陆师在火起之后纷纷选择跳水逃避，结果不识水性的清军烧死、烧伤的不过一千余人，其余的皆是溺毙在内海之中。
“损失一千五百斤大佛郎机炮一门、三百斤虎蹲炮一百四十七门，战马及驮马二百五十六匹，鸟铳、铠甲、刀枪、火药等不可估算，另有”
面对惨痛的伤亡数字和极大的物资损失，施琅虽不动声色，但他手下那些总兵、副将们却未免有了一些其他的想法。
要知道，当初攻打澎湖时施琅带来的清军约有三万，海战中伤亡了八千多，尽管又俘获和接收了一万左右的郑军，但施琅对他们信不过，只是选取了中的八千人作为补充，此后因为郑克臧不愿投降施琅便又从铜山和思明运来三万人的部队，其中一万清军及二千郑军俘虏留守澎湖，跟着施琅一起攻打东宁的约有五万。这五万之众当中陆师约占六成有三万之数，水兵不过两成计两万人。
抵达东宁之后，清军先是在北汕尾岛上损失了八百多人，久攻不下之后留下二千余人围困童子军炮垒；其后，在突破南航道时，前后又折损了包括一艘大炮船在内的十七条战船一千余人，至此清军只剩下四万六千余人，如今又有几近七千人的伤亡，等于说前后清军已经有超过五分之一的人马不能参与主力决战了。
在这个时代，通常一支部队损失超过五分之一时就已经接近崩溃的边缘了，然而更让一众清军将官揪心的是此刻前进不能后退无路，总不见得让四万多人就这么在海上尧左武卫镇以及建威左镇、戎旗镇、戎旗第三镇、壁宿镇、五冲镇、勇卫军第二镇，再加上由童子军及銮仪卫两部。
虽说看起来番号颇多，但銮仪卫有九百多人留守安平城、童子军有二百人在北汕尾岛，另外在内海上游弋巡防的五十条商船、民船虽然用的是原水师的老兵操纵，但一百五十个临时炮组却也已经将除昆仑第二标和镇属骑队以外的童子军第二镇抽调一空了，再加上郑克臧又将壁宿镇八百多人留在承天府和万年州维持治安，匆匆编入地方汛兵和老兵的其余五镇的战力也无从保证，所以留给郑克臧决断的余地并不算多。
“着张学尧率左武卫及建威左镇四千人直取盐水溪之敌；”郑克臧犹豫了整整一炷香时间才终于作出了决断。“着王进功率左虎卫镇并戎旗第三镇四千人攻打曾文溪，何乾领銮仪卫两标及第二镇昆仑标并戎旗镇三千九百人阻断大排之敌，曾仪领勇卫军第二镇并五冲镇四千人攻取西港之敌，毛洪言领童子军第一镇充孤的护卫”
郑克臧的调度是按就近原则调度的，不过他手下的部队有强有弱，这种战力差自然也反应到了具体的战斗当中。其中装备有鹿铳、鸟铳及瘊子甲的銮仪卫很快就将大排之敌打得落花流水；但同样装备了一部分瘊子甲的左虎卫、左武卫两部却因为郑克臧之前的肃清而元气大伤，歼敌不能但也勉强把当面的清军挡住；勇卫军第二镇镇将曾仪是陈永华手下的老人，因此得到郑克臧的信任，但此人有心杀敌却无力回天，好不容易把登陆西港的清军杀得节节败退，却在逼入港区后遭到施琅不分青红皂白的炮击，曾仪当场战死，于是这一路便就此崩溃了
之所以会出现这样参差不齐的战况是因为狡猾的施琅还留了一手，他的布置不仅仅是分兵上陆这么简单，各路上岸的清军的兵力其实各有参差。譬如王进功和张学尧，一个在曾文溪遇到的是五千五百清军，另一个在盐水溪则碰到的是五千敌人，何乾却是碰到了个软柿子，在大排登陆的清军是牵制部队，总数不过三千五百，这也是为什么他能势如破竹的原因。
至于西港之敌却是清军主力，除却驾驶船只看管大炮、战船及伤兵的水师三千人以外，其余二万二千清军悉数在此上岸，所以勇卫军第二镇、五冲镇即便不被炮火驱散其胜利也将是昙花一现。
“天怎么还没有黑。”郑克臧收到战报后抬了抬头发出一声莫名的感叹，随即下达了指令。“着何乾留下昆仑第二标肃清残敌，其余火速赶往盐水溪，协助张学尧，等击溃盐水溪方面之敌后，何即率本部及建威左镇立刻返转支援本队，张率左虎卫镇增援王进功部，务必及早肃清当面之敌，然后驰援本队。”说罢，郑克臧站了起来。“毛洪言，”边上的第一镇副镇统俯身听命着。“孤跟你一起去会会施琅，看看他陆战如何？”
“世孙，万万不可啊，据各地探报来看，西港之敌乃是敌军主力，少说也有两三万兵马，就算没有三万，也有两万，第一镇及銮仪卫骑军营相加却不过二千六百人。”毛洪言当即劝阻道。“敌至少八倍与我，臣虽可以豁出命来抵御，但世孙乃本藩上下所系，有道是千金之子不坐垂堂，臣恳请世孙不可冒险呢。”
“难道看着童子军去死？”郑克臧此举当然不是为了逞能、为了突出个人英雄主义，实则在他清醒的认识到，要是前方败了，他在后方肯定也不安全，还不如冒险跟着上前线或许能以最高统帅的身份给第一镇提供部分加成，而且他权衡过，无敌统帅的形象可以让他压制住剩余的那些郑军元老，既然有这样双重的好处，他又怎么可能不试着搏一把呢，当然他话不能这么说。“孤跟他们说的是同生共死，而不是眼睁睁的看着他们牺牲，此事不必再劝了。”郑克臧拍了拍毛洪言的肩膀。“孤信得过你的忠心，更信得过童子军的战力。”
郑克臧一向独断惯了，毛洪言说什么也拦不住他，但这个消息传出去之后，童子军第一镇的士气果然高涨起来：“军心可用。”
郑克臧如是评价着，当然他也留好了后手：“再派人去催洪拱柱，命令他务必在申时三刻之前赶到西港，若是届时不至，就让他替孤和夫人收尸好了”